公司学科体系建设始于1997年设立的环境科学本科专业，2003年开始招收环境科学学科硕士研究生。2010年环境科学专业获批国家级特色专业建设点，正式获批“环境工程”专业学位硕士授权点，开始招收全日制和在职工程硕士研究生。2011年获批“环境科学与工程”一级学科硕士点。次年参加国家学科评估，在全国82所参评高校中排名第39位，在硕士点中排名第3。2016年，学院再次参加国家学科评估，评估结果为B-，在全国155所参评高校中排名第47位， “环境工程”本科专业通过专业工程教育认证。2019年“环境工程”专业获批首批国家级一流本科专业建设点，参与生态修复工程学、城乡人居生态环境学2个北京高校高精尖团队建设，通过第二次专业工程教育认证。2020自然指数地球与环境科学排行榜大陆第 37；QS世界大学排名 301-350，大陆第24；软科世界一流学科（环境科学与工程）排名301-400，大陆48-60。目前，本学科建有环境科学、环境工程、给排水科学与工程3个本科专业；生态环境工程二级学科博士学位授权点、环境与工程一级学科硕士学位授权点、资源与环境专业硕士学位授权点。

环境科学与工程学科方向包括：水污染控制与生态修复、环境功能材料研发与应用、固体废物处置与资源化利用、新兴污染物环境行为与控制，团队建设面向我国我国污染防治攻坚战、“水十条”、“大气十条”和 “土十条”、二氧化碳达峰目标和碳中和愿景、长江大保护、黄河流域生态保护、美丽乡村建设等国家重大战，瞄准国际学术前沿，致力于创建高水平科研和教学团队，培养具有良好国际视野的高层次研究型人才，形成产学研用管一体化的人才培育平台，建成国内一流的的学科体系。